Gọi là chùa Lân vì chùa tọa lạc trên một quả núi giống hình con Kỳ Lân nằm phủ phục, nên chùa được đặt tên theo dáng núi. Chùa có tên chữ là “Long Động”. Chuyện kể rằng: Trên đường vào Yên Tử, Thượng hoàng Trần Nhân Tông cùng đệ tử Bảo Sái đã nghỉ đêm tại đây. Đêm ấy, Vua mộng thấy được cưỡi trên lưng Rồng vàng bay vào trong động đẹp, có hồ nước lung linh đầy hoa sen nở, tỏa ngát hương thơm. Khi tỉnh giấc, Vua kể lại câu chuyện về giấc mộng đó cho Bảo Sái nghe và đặt tên Chùa Lân là Chùa Động Rồng (chữ Hán là Long Động Tự).

Chùa xưa được xây dựng vào thời Trần (hiện còn lại dấu tích nền móng ngôi chùa cũ ở phía trước Đại Hùng Bảo Điện) có quy mô rộng lớn, nguy nga tráng lệ và là một trong hai trung tâm của Yên Tử là Long Động và Vân Yên. Chùa là nơi tu hành, hoằng pháp của Tam Tổ Trúc Lâm trước khi rời vào trung tâm Vân Yên . Dân gian có câu “Ngõ chùa Lân, sân chùa Muống , ruộng chùa Quỳnh ”, là ba cái lớn nhất vào thời phái Thiền Trúc Lâm hưng thịnh.

Thời chống Pháp, chùa là cơ sở cách mạng, bị giặc phá hủy, nhân dân địa phương dựng lại trên nền chùa cũ với quy mô nhỏ. Qua nhiều lần trùng tu, đến năm 2002, Hòa thượng Thích Thanh Từ cùng Phật tử thập phương công đức xây dựng Chùa Lân – Thiền viện Trúc Lâm Yên Tử trong khuôn viên 23,7 héc-ta với 3 chức năng chính: Là nơi hướng dẫn tu thiền cho quý tăng ni, Phật tử theo Thiền phái Trúc Lâm; Nơi nghiên cứu, bảo tồn các thư tịch, ấn phẩm văn hóa về Yên Tử và Thiền phái Trúc Lâm; Nơi tham quan du lịch, hành hương lễ Phật của du khách thập phương; gồm các khu chính: Đại Hùng Bảo Điện, Nhà Tổ, Thiền Đường, La Hán Đường, Trai Đường, Chánh Pháp Đường và Hồ Tĩnh Tâm…

Đại Hùng Bảo Điện thờ Đức Phật Thích-ca Mâu-ni, hai bên là tượng Văn Thù và tượng Phổ Hiền Bồ-tát .. Trên tường tạc các bức phù điêu mô tả quá trình trụ thế, xuất gia, tu tập, giác ngộ, thuyết pháp độ sinh, nhập niết bàn của Phật Tổ Thích-ca. Hai bên Đại Hùng Bảo Điện là Lầu Trống , Lầu Chuông . Phía trước Bảo Điện là “Quả cầu như ý báo ân Phật Tổ” . Phía sau Đại Hùng Bảo Điện là tượng Tổ Bồ-đề Đạt-ma. Kế bên sân hậu là Nhà Tổ thờ Tam Tổ Trúc Lâm . Phía sau Nhà Tổ là ngôi tháp cổ Tịch Quang Kim Tháp thờ Sư Tổ Chân Nguyên . Xa hơn là Thiền Đường (nơi tọa thiền của tăng, ni). Bên phải Nhà Tổ là La Hán Đường (nơi thờ 18 vị La Hán). Bên tả, bên hữu là nhà khách, nhà trưng bày hiện vật văn hóa lịch sử, thư viện và các công trình phụ trợ khác. Nhà trưng bày ở bên trái Đại Hùng Bảo Điện như một bảo tàng nhỏ, có nhiều hiện vật được khảo cổ tìm thấy tại Chùa Lân và sách, ảnh về Thiền phái Trúc Lâm.

Đại Hùng Bảo Điện và Nhà Tổ được xây dựng trong 90 ngày đêm, hàng nghìn người tham gia xây dựng với tiến độ nhanh mà vẫn đảm bảo chất lượng công trình. Chánh Pháp Đường có sức chứa 4.000 người, là nơi tổ chức thuyết pháp cho các tăng, ni, Phật tử và thờ Thập Đại đệ tử của Đức Phật. Trước Chánh Pháp Đường là Bảo tượng Phật Bà Quan Âm và Hồ Tĩnh Tâm. Ngoài tháp Tịch Quang phía sau Nhà Tổ, nơi đây tọa lạc 22 ngôi tháp thờ các Thiền sư, nhiều ngôi vẫn còn khá nguyên vẹn. Nay thêm 01 ngôi tháp của sư ni Đàm Châu trụ trì Chùa Lân (cũ) hơn 20 năm trước khi có Thiền viện Trúc Lâm Yên Tử.

Chùa Lân – Thiền viện Trúc Lâm Yên Tử là nơi duy nhất của Yên Tử các vị sư tu hành thuộc dòng thiền Trúc Lâm của Hòa Thượng Thích Thanh Từ . Ở đây không đốt vàng mã, tiền vàng, không đặt hòm công đức và không dùng phiếu ghi nhận công đức. Phật tử và du khách cúng dường bao nhiêu thì tùy tâm. Đặc biệt hàng năm, Thiền viện đón hàng chục nghìn người đến đây để tu Thiền.

Bên trái Nhà Tổ là một cảnh tượng thiên nhiên kỳ thú và hiếm gặp. Đó là hình ảnh gốc đa ôm gốc thị hàng trăm năm tuổi, biểu tượng cho tinh thần đoàn kết gắn bó keo sơn, đùm bọc lẫn nhau, không phân biệt giống loài – một nét văn hoá đặc trưng của dân tộc Việt.