Rừng quốc gia Yên Tử có hệ động thực vật phong phú. Đáng kể là trong hệ thực vật ở rừng Quốc gia Yên Tử có một số loài cây đại cổ thụ gắn liền với sự nghiệp tu hành ở Yên Tử của Trần Nhân Tông cùng các sơn môn, phật tử như như Xích Tùng (thông nhựa đỏ), Thanh Tùng (thông nhựa), Tùng La Hán; Đại lão mai vàng (cây mai cổ hàng trăm năm tuổi),...