Ở tâm điểm vùng tâm linh Yên Tử, Vườn Tháp Huệ Quang là nơi tụ vượng linh khí của long mạch Yên Tử khởi nguồn từ đỉnh Non Thiêng theo hướng Bắc Nam, là nơi lưu giữ xá lợi và ngọc cốt của các bậc Thiền sư đạo cao đức trọng đã từng tu hành tại Yên Tử qua các thời: Trần, Lê, Nguyễn. Vườn tháp hiện nay có gần 100 ngôi tháp mộ. Mỗi tháp mộ có kích thước, cao thấp khác nhau, thể hiện vị trí, chức sắc của các vị Thiền sư trong giới phẩm Phật giáo như Tháp Diệu Đăng , Tháp Trường Quang , Tháp Hoa Quang , Tháp Chân Thường , Tháp Tôn Đức …Hiếm thấy nơi nào trên đất nước Việt Nam có Vườn Tháp nhiều ngôi tháp như ở đây, minh chứng nhiều thế hệ Thiền sư đã tu hành và viên tịch tại chùa Hoa Yên núi Yên Tử.

Trung tâm Vườn Tháp là Huệ Quang Kim Tháp (thường gọi là Tháp Tổ), thờ xá lợi Phật Hoàng Trần Nhân Tông. Ngài là vị vua thứ 3 của triều đại nhà Trần, tên húy là Trần Khâm, sinh ngày 11/11/1258. Tương truyền lúc mới sinh, thân sắc Ngài vàng ánh tựa hoàng kim nên vua cha gọi với tên yêu quý là “Kim Phật”, là “Kim Tiên Đồng Tử”.

Từ nhỏ, Ngài đã bộc lộ bản tính thông minh, hiếu học và mộ Đạo. Năm 16 tuổi, được phong làm Hoàng Thái tử. Ngài làm vua ở tuổi 20, tập hợp sức mạnh đại đoàn kết toàn dân, hai lần đánh thắng giặc Nguyên Mông (1285-1288) đội quân hùng mạnh nhất thời ấy. Ngay sau cuộc chiến, Ngài thực hiện thành công hòa giải dân tộc, xây dựng đất nước thịnh vượng. Năm 35 tuổi, Ngài truyền ngôi cho thái tử Trần Thuyên (Trần Anh Tông), lui về Hành cung Vũ Lâm (Ninh Bình ngày nay) chuyên tâm nghiên cứu kinh sách Phật.

Mùa Thu năm 1299, Thượng hoàng Trần Nhân Tông về Yên Tử tu hành, lấy pháp danh là Hương Vân Đại Đầu Đà, đạo hiệu là Trúc Lâm Đại Sỹ, dung hợp các tông phái Phật giáo Đại Việt, sáng lập ra Thiền Phái Trúc Lâm Yên Tử – một dòng Thiền Phật giáo mang đậm bản sắc Việt Nam.

Ngày 01/11/ năm Mậu Ngọ (1308), Ngài viên tịch tại Am Ngọa Vân trên dãy núi Yên Tử. Thi hài của Ngài được hỏa táng. Một phần xá lợi của Ngài được Vua Trần Anh Tông thờ ở tháp này, đặt tên tháp là Huệ Quang Kim Tháp. Cuộc đời và sự nghiệp của Ngài biểu hiện cao nhất tinh thần từ bi và trí tuệ, đạo pháp gắn liền với dân tộc.

Tháp được xây dựng sau khi Ngài viên tịch. Tòa tháp hiện nay đế thời Trần, thân được phục dựng vào thời Lê, trùng tu 1995. Các tháp xung quanh cũng được trùng tu vào năm ấy bằng cách đổ bê tông móng, dỡ những ngôi tháp bị đổ, nghiêng, lún, sụt… xếp lại trang nghiêm như ngày nay.

Tháp Huệ Quang cao 7m, đế tháp có dạng hình lục lăng. Mặt ngoài các tảng đá đế tháp chạm hoa văn sóng nước (có người cho rằng đó có thể là hình ảnh núi Tu Di) mang đặc trưng phong cách nghệ thuật thời Trần. Tầng một của tháp là bệ tòa sen tạo bởi 102 cánh mở rộng ôm lấy thân tháp. Tầng hai của tháp có cửa quay hướng Nam, bên trong thờ tượng Phật Hoàng Trần Nhân Tông ngồi thiền dáng khoan thai, an nhiên tự tại, được tạc bằng đá cẩm thạch vào thời Lê Sơ. Trước Tháp Tổ là cây hương bằng đá do các Phật tử ở Kinh Môn phủ Nam Sách thời Lê cung tiến.

Tháp được bảo vệ bởi bốn bức tường dày, mái tường lợp bằng ngói cánh sen kép bao quanh tháp, toàn bộ vật liệu đều có niên đại vào thời Trần (thế kỷ 13-14). Cổng tiền ở tường phía Nam và cổng hậu ở tường phía Bắc có hình vòm, khá thấp, khiến người qua phải cúi đầu khiêm cung. Đường gạch hoa cúc nối cổng hậu với đoạn đường dốc lát đá dẫn lên chùa Hoa Yên. Đường Gạch Hoa Cúc hiện nay được lát bằng gạch phục chế theo nguyên mẫu gạch hoa cúc thời Trần. Hai bên là hai hàng tháp mộ thờ ngọc cốt các nhà sư tu hành tại Yên Tử thời xưa đứng song song với Đường Gạch Hoa Cúc, tượng trưng cho các các tăng sỹ khi Phật hoàng xuất gia (và cũng có thể tượng trưng cho hai bên văn võ khi Phật Hoàng còn tại vị) đang chắp tay cung kính đưa linh Phật Hoàng Trần Nhân Tông thượng đường lên chùa Hoa Yên giảng kinh như lúc sinh thời. Tất cả làm tôn thêm vị thể uy linh của Huệ Quang Kim Tháp.

Phía sau ngôi Tháp Tổ, hai hồ nước tròn tụ thủy được coi là “hai mắt của Rồng” (xưa được Tam Tổ trồng hoa sen) thể hiện hàm ý “Mộ Tổ táng Hàm Rồng”, Nước Việt mãi an lành, thịnh vượng.

Rời Vườn tháp Huệ Quang, qua hơn 100 bậc đá, quý khách sẽ tới chùa Hoa Yên – nơi tu hành chính của Phật Hoàng Trần Nhân Tông và các thế hệ Sư Tổ của dòng Thiền Yên Tử, sau thành Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử.