Vườn Tháp Huệ Quang tọa lạc trên thế đất hàm rồng, được coi là trái tim của non thiêng. 97 ngọn tháp trong vườn tháp này và cả nhiều nơi khác tại Yên Tử thờ ngọc cốt của các thế hệ Thiền sư đạo cao đức trọng tu hành tại Hoa Yên qua các thời Trần, Lê, Nguyễn…,. Đây là nơi tụ vượng linh khí của long mạch Yên Tử khởi nguồn từ đỉnh non thiêng theo hướng Bắc Nam.

Ở  trung tâm Vườn Tháp là Huệ Quang Kim Tháp (Tháp ánh sáng trí tuệ) – nơi hiện lưu giữ xá lợi của Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông – Đệ nhất Tổ của Thiền phái Trúc Lâm và Phật giáo Việt Nam. Tháp do vua Trần Anh Tông và Đệ nhị Tổ Pháp Loa  xây dựng vào năm Kỷ Dậu (1309), sau một năm Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông nhập Niết bàn. Ngôi tháp đến nay còn khá nguyên vẹn, có giá trị đặc biệt về kiến trúc, lịch sử, văn hóa, tâm linh, Bảo tượng của Ngài được tạc bằng đá cẩm thạch vào thời Lê Sơ (thế kỷ 17) và đã được công nhận là Bảo vật Quốc gia. Xung quanh Tháp Tổ còn có các tháp thờ các thiền sư nổi tiếng có niên đại thời Lê.

Những cây tùng, cây đại có tuổi hàng trăm năm vươn tán lá che nắng che mưa cho các tháp càng tăng thêm vẻ trầm mặc, uy nghi của Vườn Tháp. Nơi đây đã trở thành chứng tích khẳng định vị thế quan trọng vào bậc nhất của khu vực chùa Hoa Yên, góp phần tôn vinh vẻ thâm nghiêm, huyền bí của Yên Tử sơn.