Từ xa xưa, chùa Hoa Yên giữ vị thế là chùa trung tâm của cả hệ thống chùa Yên Tử. Chùa vốn có tên Vân Yên, vua Lê Thánh Tông (1442-1497) từng lên vãng cảnh chùa, thấy cảnh trí tốt tươi, trăm hoa đua nở, bèn đổi tên chùa thành Hoa Yên.

Chùa là nơi tu hành, thành đạo, truyền thừa của các thế hệ Tổ Thiền Trúc Lâm Yên Tử: Thời Lý có Thiền sư Hiện Quang khai sơn chùa Vân Yên từ trước năm 1220. Thời Trần có Quốc sư Đạo Viên, Quốc sư Đại Đăng, Thiền sư Tiêu Dao, Thiền sư Huệ Tuệ. Tại chùa Hoa Yên, Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông cùng Pháp Loa, Huyền Quang kế thừa và phát triển dòng Thiền Yên Tử lập nên Thiền Phái Trúc Lâm với tinh thần nhập thế và hộ quốc an dân.

Thời Lê có Thiền sư Chân Trú, Tuệ Chân, đặc biệt là Thiền sư Chân Nguyên – người có công chấn hưng Thiền Phái Trúc Lâm Yên Tử…

Hơn 800 năm, chùa Hoa Yên qua nhiều lần trùng tu. Ngôi chùa ngày nay được phục dựng vào năm 2002, phía dưới nền chùa còn lưu giữ móng nền chùa thời Trần được khảo cổ và phát lộ trước khi phục dựng chùa này.

Phía trước sân chùa có ba cây đại cổ trên dưới 800 năm tuổi. Hai phía hồi chùa còn hai cây sung cổ. Phía Đông sân chùa dựng bia Hậu Phật khắc ghi công đức của bà Vũ Thị Phương, người đã xuất tiền của cứu trợ dân nghèo vùng Nam Mẫu, Trung Lương, Nội Hoàng.

Sau chùa Hoa Yên có nhiều tháp thờ ngọc cốt của các Thiền sư tu hành tại Hoa Yên: Tháp Độ Nhân thờ Thiền sư Tuệ Xuân, người được vua Lê sắc phong là Chính giác Hòa thượng Đại đức Thiền sư Độ Nhân Bồ-tát; tháp Hương Hà thờ Thiền sư Thanh Toán; tháp Tĩnh Tuệ thờ Thiền sư Tuệ Nhật…

Đặt chân đến Tháp Tổ và Hoa Yên là bạn đã tới những điểm linh thiêng nhất của thánh địa Yên Tử, được kết nối với các chư Tổ của Thiền phái Trúc Lâm, đã chạm đến đỉnh cao tâm linh trong lộ trình hành hương về cõi Phật.