Ở độ cao 534m so với mực nước biển, chùa Hoa Yên giữ vị thế là chùa trung tâm của cả hệ thống chùa tháp khu di tích Yên Tử. Chùa xưa có tên là Vân Yên. Vua Lê Thánh Tông (1442-1497) đổi tên chùa thành Hoa Yên. Dân gian thường gọi là: “Chùa Cả”, “Chùa Chính”, “Chùa Yên Tử”. Chùa từng có gác chuông, lầu trống, nhà tăng, pháp đường, viện Phù Đồ …, là nơi tu hành, thành đạo, truyền thừa của các Tổ Dòng Thiền Yên Tử: Thời Lý có Thiền sư Hiện Quang khai sơn chùa Vân Yên trước năm 1220. Thời Trần có Quốc sư Đạo Viên, Đại Đăng, Thiền sư Tiêu Diêu, Huệ Tuệ. Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông cùng Pháp Loa, Huyền Quang kế thừa và phát triển dòng Thiền Yên Tử lập nên Thiền Phái Trúc Lâm Yên Tử với tinh thần nhập thế và hộ quốc an dân. Thời Lê có Thiền sư Chân Trú, Chân Nguyên – người có công chấn hưng Thiền Phái Trúc Lâm Yên Tử…

Chùa đã trải qua nhiều lần trùng tu. Năm 2002, bằng nguồn vốn đầu tư của Nhà nước và công đức của thập phương, chùa Hoa Yên được xây dựng lại trên nền chùa thời Trần, có kiến trúc kiểu “Nội công, ngoại quốc”; có Chính Điện thờ Phật, Nhà Tổ, hai bên là lầu chuông, lầu khánh . Trong nền chùa hiện nay còn lưu giữ nền móng chùa thời Trần được khảo cổ, phát lộ năm 2001.

Tượng thờ trong chùa được bài trí theo cách thức thờ tự chùa miền Bắc Việt Nam.

Chính điện:

• Hàng tượng trên cùng trong hậu cung: Tam Thế Phật.
• Hàng tượng thứ 2: Nhất Phật Nhị Tôn Giả.
• Hàng tượng thứ 3: Tòa Cửu Long.
• Hàng tượng thứ 4: Phật Hoàng Trần Nhân Tông.
• Bên phải ban Phật là tượng Địa Tạng Vương Bồ-tát.
• Bên trái ban thờ Phật là tượng Quan Âm Chuẩn Đề.

Tiền đường ngôi Chính Điện:

• Bên phải là tượng Đức Ông, Hộ pháp Khuyến Thiện.
• Bên trái là tượng Đức Thánh Hiền, Quan Âm Thiên Thủ Thiên Nhãn, Hộ pháp Trừng Ác.

Nhà Tổ:

• Tượng thờ:
  + Chính giữa thờ tượng Tam Tổ Trúc Lâm và tượng Trần Nhân Tông nhập Niết-bàn và tượng Bảo Sái – đệ tử của Ngài.
  + Bên phải thờ tượng Tam Vương và thờ Đức Thánh Trần.
  + Bên trái thờ Tam Tòa Thánh Mẫu.
• Lược sử Tam Tổ Trúc Lâm:
  + Lược sử về cuộc đời và sự nghiệp của Đệ nhất Tổ Trần Nhân Tông: Quý khách đã được giới thiệu tại Tháp Tổ.
  + Lược sử cuộc đời và sự nghiệp của Đệ nhị Tổ Trúc Lâm Pháp Loa:

Ngài sinh ngày 7/5/1284, tại phủ Nam Sách, tỉnh Hải Dương, thế danh là Đồng Kiên Cương. Tương truyền: Thân mẫu của Ngài nằm mộng thấy một vị thần trao cho thanh kiếm, bà vừa mừng, vừa lo. Sau đó, bà mang thai. Trước đó, bà đã sinh hạ được 8 người con gái nên bà uống thuốc để trục thai, nhưng đều vô hiệu. Khi sinh ra Ngài, bà cùng chồng rất mừng, đặt tên là Kiên Cương. Từ nhỏ, Ngài rất thông minh, ham học đạo, không ăn được thịt cá.

Năm 1304, Phật Hoàng Trần Nhân Tông đi khắp nơi giảng đạo, tình cờ gặp Đồng Kiên Cương quỳ lạy xin xuất gia. Vua nhận thấy đạo nhãn và thần khí của Ngài, nên đã chấp thuận, liền đặt hiệu là Thiện Lai và năm 1305 đặt pháp danh là Pháp Loa. Năm 1308, Ngài được Đệ nhất Tổ Trần Nhân Tông truyền trao y bát và Tâm kệ, trở thành vị Tổ thứ 2 của Phái Thiền Trúc Lâm Yên Tử.

Ngài có công lớn trong việc phát triển ảnh hưởng của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử trên toàn cõi Đại Việt. Hầu hết các công trình chùa, tháp tại Yên Tử được xây dựng dưới thời Đệ nhị Tổ Pháp Loa. Ngài viên tịch ngày 3/3/1330, được an táng trong bảo tháp Viên Thông tại chùa Thanh Mai (nay thuộc thị xã Chí Linh, tỉnh Hải Dương), tại thế 47 năm.

• Lược sử cuộc đời và sự nghiệp của Đệ tam Tổ Trúc Lâm Huyền Quang:

Thế danh là Lý Đạo Tái, quê ở làng Vạn Tải (thuộc huyện Gia Bình, tỉnh Bắc Ninh ngày nay), sinh năm 1254, trong một gia đình thuộc dòng dõi quan lại thời Lý.

Tương truyền Ngài là người có thể mạo khác thường, từ nhỏ Ngài đã bộc lộ tư chất thông minh, hiếu học và mộ đạo. Năm 21 tuổi, Ngài đỗ Trạng nguyên và từng làm quan trong triều đình .

Năm 51 tuổi, trong lần đến chùa Vĩnh Nghiêm nghe thiền sư Pháp Loa thuyết pháp, Ngài đã ngộ đạo. Sau đó, Ngài xin từ quan để xuất gia học Phật. Năm 63 tuổi, Ngài trụ trì chùa Vân Yên trên núi Yên Tử.
Năm 77 tuổi, Ngài chính thức được Đệ nhị Tổ Pháp Loa truyền trao Y bát và trở thành Đệ tam Tổ Phái Trúc Lâm Yên Tử.
Ngài viên tịch ngày 23/1/1334, tại thế 81 năm và được an tán trong Bảo Tháp Chiêu Minh tại chùa Côn Sơn (nay thuộc thị xã Chí Linh, tỉnh Hải Dương).

Trước chùa Hoa Yên là ba cây đại cổ vài trăm năm tuổi . Bên phải Chùa là bia Hậu Phật khắc ghi công đức của bà Vũ Thị Phương – người đã phát tâm bồ đề cứu đói cho nhân dân ở vùng núi Yên Tử trước năm 1723.

Sau chùa có nhiều tháp mộ các Thiền sư tu hành tại Yên Tử, tiêu biểu như: Tháp Độ Nhân , tháp Hương Hà … Lên núi một đoạn có ngôi tháp rất đẹp, đế và ngọn tháp được ghép bởi những viên gạch men xanh thời Trần, gọi là “Tháp Thiền Định”.
Ở bên phải sân chùa còn một cây sung cổ. Theo dân gian truyền lại, quả sung, quả vả trong rừng là món ăn chay của các Thiền sư tu hành ở Yên Tử.