Qua suối Giải Oan, đi lên vài trăm bậc đá xếp là đến chùa Giải Oan. Ngôi chùa tựa lưng vào núi Ngọc, một ngọn núi thuộc Tổ sơn Yên Tử.

Sử chép khi Thượng hoàng Trần Nhân Tông xuất gia lên Yên Tử tu hành vào mùa thu năm 1299, các thị hầu, bà mụ, cung phi đã theo Ngài đến tận chân núi Yên Tử và bên dòng suối Hổ Khê khi xưa (nay là Suối Giải Oan) đã diễn ra một cuộc chia ly huyền sử đầy nước mắt.

Tương truyền, có những cung phi đã trẫm mình xuống dòng suối Hổ Khê để tỏ lòng trung trinh. Chùa Giải Oan được xây dựng vào thời Trần trên nền đàn tràng Thượng hoàng cho lập để siêu độ giải kết oan hồn cho họ. Dòng Hổ Khê cũng đổi tên thành Suối Giải Oan từ đó.

Ngôi chùa thời nay được xây dựng lại vào năm 1994, kiến trúc nền móng hình chữ “đinh” (丁),thờ tượng Phật theo nghi thức thờ tự chùa miền Bắc Việt Nam.

Bên chùa là Điện Mẫu và Nhà Tổ. Điện Mẫu được tôn tạo năm 2003, là nơi duy nhất ở Yên Tử thờ thân mẫu vua Trần Nhân Tông là Nguyên Thánh Thiên Cảm Hoàng Thái hậu. Anh trai của bà là đức Hưng Đạo Đại Vương cũng được thờ ở đây. Nhà Tổ thờ tượng Tam Tổ Trúc Lâm và tượng chư Tổ chùa Giải Oan.

Trước chùa có 6 ngôi tháp mộ thờ xá lợi của các vị Thiền sư tu hành ở Giải Oan thuộc nhiều thế hệ.

Theo lộ trình hành hương từ chùa Trình (Bí Thượng) qua suối Giải Oan lên Yên Tử, chùa Giải Oan là nơi cởi bỏ các mối kết buộc oan trái, diệt trừ mọi phiền não, khổ đau nơi trần thế trước khi đi tiếp lên Cõi Phật.