Ngôi chùa tọa lạc tựa lưng vào núi Ngọc – một ngọn núi thuộc Tổ sơn Yên Tử, phía trước chùa là dòng suối Giải Oan. Tương truyền đây là nơi Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông lập đàn siêu độ oan hồn các thị hầu, cung phi trẫm mình dưới suối Hổ Khê. Theo Phật giáo, Giải Oan là cởi bỏ các mối kết buộc oan trái để thoát khỏi sinh tử luân hồi.

Chùa xưa được dựng trên nền đàn tràng. Ngôi Chính Điện được Ni trưởng Chân Đức cùng các Phật tử trong và ngoài nước công đức xây dựng năm 1994 trên nền Nhà Tổ xưa. Năm 2003, Điện Mẫu được tôn tạo trên nền ngôi chùa cũ, là nơi duy nhất ở Yên Tử thờ thân mẫu vua Trần Nhân Tông là Nguyên Thánh Thiên Cảm hoàng thái hậu, em gái Trần Hưng Đạo. Năm 2010, Nhà Tổ được xây dựng.

Tượng thờ trong chùa được bài trí theo cách thức thờ tự chùa miền Bắc Việt Nam.
Chính điện:

• Hàng tượng trên cùng là Tam thế Phật
• Hàng tượng thứ 2: Di – Đà tam tôn
• Hàng tượng thứ 3: Dược Sư tam tôn
• Hàng tượng thứ 4: Ban Hoa Nghiêm tam thánh.
• Hàng tượng thứ 5: Quan Âm Chuẩn Đề.
• Hàng tượng thứ 6: Đức Phật nhập Niết-bàn và tòa Cửu Long.
• Bên trong hậu cung, góc bên phải ban Phật thờ tượng Địa Tạng Vương Bồ-tát. Góc bên trái thờ tượng Phật Di Lặc

Tiền đường của Chính Điện:

• Bên phải là ban thờ Đức Ông, bên trái là ban thờ Đức Thánh Hiền.
• Hai bên tiền đường là tượng Hộ pháp Khuyến Thiện và tượng Hộ pháp Trừng Ác.

Điện Mẫu:

• Chính cung thờ Đức Mẫu Nguyên Thánh Thiên Cảm Hoàng Thái Hậu là thân mẫu của Phật Hoàng Trần Nhân Tông. Giải Oan là nơi duy nhất của Khu Di tích – Danh thắng Yên Tử thờ Đức Mẫu này).
• Trước chính Điện Mẫu cung thờ Tam Vương .
• Bên phải thờ Hưng Đạo Đại Vương.
• Bên trái là ban thờ Tam Tòa Thánh Mẫu và ban thờ công đồng .

Nhà Tổ :

• Thờ Tổ Bồ-đề Đạt-ma, Tam Tổ Trúc Lâm và Sư Tổ của chùa.

Xưa kia, đường hành hương lên Hoa Yên đi ngang qua cửa chùa Giải Oan theo triền núi lên Đường Tùng, Hòn Ngọc . Trước năm 1984, du khách lên chùa Hoa Yên không đi theo lối này mà lại trèo núi ở ngay phía sau Nhà Tổ. Đoạn này rất dốc, đi lại khó khăn. Năm 1984, đơn vị bộ đội ở Yên Tử mở “Dốc Hà Nội” nối với đường lên Hoa Yên như ngày nay.

Chùa Giải Oan vốn linh thiêng có tiếng. Danh sỹ Ngô Thời Nhiệm (1746-1803) về chùa Giải Oan thường thấy bóng Vua Trần hiển hiện ở cây sung trước chùa. Trước chùa còn lưu giữ được vườn cây ăn quả người xưa trồng cách đây vài trăm năm như vải, mít, xoài… Việc người xưa trồng vườn cây ăn quả để dâng quả cúng Phật, tạo cảnh sắc thiên nhiên hòa hợp, làm cho ngôi chùa trở lên gần gũi, thân thiện.

Trong các ngôi chùa ở Yên Tử, chưa chùa nào có số lượng tượng Mẫu thờ nhiều bằng chùa Giải Oan. Phải chăng các cung tần mỹ nữ xưa kia sau khi trẫm mình dưới dòng suối Hổ Khê, linh hồn của họ siêu thoát về Thiên cung, Thoải phủ, hiện thân thành Mẫu tôn thờ ở chốn Giải Oan này?