Chùa xưa vốn là một thảo am gọi là Am Ly Trần (thoát cõi trần), sau có tên gọi là động Thanh Long. Tương truyền Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông từng đọc sách, soạn kinh ở am này. Sau khi Ngài viên tịch, am xưa được dựng thành ngôi chùa Bồ Đà, một nửa mái chùa là vòm động, một nửa mái chùa phô ngoài trời nên gọi là chùa Một Mái.

Chùa là nơi duy nhất của Yên Tử ngày nay vẫn giữ nguyên hệ thống tượng thờ và đồ thờ toàn bằng đá trắng có niên đại cuối thời Lê, đầu thời Nguyễn. Gồm các ban: Tam Thế Phật, chư vị Bồ Tát,Tam Tổ Trúc Lâm, Mẫu, Đức Ông. Bát hương (1853) khắc chữ “Phật, Pháp, Tăng tam bảo kim cương” (Phật, Pháp, Tăng – ba ngôi tôn quý) và câu thần chú Mật tông “Úm ma ni bát mê hồng”

Trong chùa có một mạch nước ngầm trong vắt chảy ra từ lòng núi được người dân địa phương ví như là dòng sữa mẹ. Du khách đến đây thường uống chút “nước thiêng” để cầu bình an, may mắn.

Bên lối lên chùa có hai ngôi tháp đá được dựng vào thời Lê, trong đó có tháp Thanh Long thờ Thiền sư Nguyên Hội, trụ trì, đắc đạo tại chùa này.

Một mái chùa xưa giữa trần ai

Chênh vênh lưng núi nửa trong ngoài

Hoa bưởi trước chùa đơm trắng xóa,

Bạch Vân triền núi một cành mai.

(Thi Vân Yên Tử)