Tương truyền là nơi Phật Hoàng Trần Nhân Tông tọa thiền, đọc sách, soạn kinh. Thời Trần, gườm đá hậu cung chùa được gọi là Động Thanh Long, am Ly Trần (thoát cõi trần). Thời Lê, đây thành chùa thờ Phật, có tên “Chùa Bồ Đà”, dân gian gọi là “Chùa Bán Thiên”, “Chùa Bán Mái”. Nay là chùa Một Mái. Chùa đã trải qua nhiều lần trùng tu, gần nhất vào tháng 10 năm 2014. Xưa, chùa có nhiều rắn xanh (thanh long) thường xuất hiện lúc trở trời nhưng chưa từng cắn ai.

Hệ thống tượng, đồ thờ hoàn toàn bằng đá trắng có niên đại cuối thời Lê, đầu thời Nguyễn, gồm các ban thờ: Tam thế Phật, chư vị Bồ Tát, Tam Tổ Trúc Lâm, Mẫu, Đức Chúa Ông.

Bát hương (1853) khắc chữ “Phật, Pháp, Tăng tam bảo kim cương” (Phật, Pháp, Tăng – ba ngôi tôn quý) và câu thần chú Mật tông “Úm ma ni bát mê hồng” . Các bia đá khắc chữ Hán nội dung nói về tượng, pháp, cảnh sắc của chùa và công đức cúng dường của thập phương . Trong chùa có núm đá nước trong vắt nhỏ từng giọt xuống được ví như dòng sữa mẹ.

Trước chùa có Tháp Thanh Long được xây dựng vào thời Lê, thờ thiền sư Nguyên Hội trụ trì và đắc đạo tại chùa. Trước chùa có cây ngót rừng, nhà sư dùng lá non để nấu canh. Cạnh tháp, bên lối đi có những cây quýt cổ do người xưa trồng và cây bồ hòn, quả và rễ dùng chữa bệnh đau nửa đầu, chữa ho, sát trùng, chữa cảm cúm, lá dùng giặt quần áo thay xà phòng. Vách núi dưới chân chùa có nhiều loài cây thuốc mọc tự nhiên. Hai bên chùa là 2 dòng nước mạch nguồn của Yên Tử đổ về suối Giải Oan. Trước cửa chùa có cây hoa mai vàng Yên Tử. Vào cuối xuân, mai vàng nở rộ trên vách núi. Mai vàng biểu trưng vẻ đẹp và cốt cách thanh cao, được Phật Hoàng Trần Nhân Tông mô tả và ngợi ca trong bài thơ chữ Hán Tảo mai kỳ nhất (Mai sớm kỳ 1), Trần Thị Băng Thanh dịch thơ:

Năm cánh hoa tròn nhị điểm vàng
San hô, vẩy bạc vẻ tân trang
Ba đông san sát cành khoe trắng
Một thoáng xuân về đã rụng quang
Má ngọt chảy thơm tan giấc bướm
Trăng đêm ngưng nước khát chim rừng
Hằng Nga như biết hoa mai đẹp
Đâu tiếc cung Thiềm lạnh quế hương.