Với độ cao 1.068m so với mực nước biển, Yên Tử là ngọn núi cao nhất vùng Đông-Bắc Việt Nam. Xưa ngọn núi này từng có các tên: Tượng Sơn, Bạch Vân, Phù Vân, Linh Sơn, An Tử. Yên Tử là phúc địa, danh sơn, địa linh, được ghi vào điển thờ.

Trước thời Lý (1010-1225), Yên Tử chỉ là một vùng núi cao rừng rậm hoang sơ gắn với truyền thuyết về một đạo sỹ An Kỳ Sinh tu tiên đắc pháp hóa đá trên đỉnh núi.

Vào thời vua Lý Huệ Tông (1211-1224), có Thiền sư Hiện Quang về tu hành ở đây và Ngài được coi là Tổ khai sơn của dòng Thiền Yên Tử.

Năm 1236, vua Trần Thái Tông – ông nội của vua Trần Nhân Tông – đã từng bí mật lên Yên Tử gặp Quốc sư Trúc Lâm Đạo Viên để “cầu làm Phật” và được Quốc sư khuyên giải rằng: “Núi vốn không có Phật. Phật chỉ ở trong Tâm. Tâm lặng lẽ và sáng suốt, đó chính là Phật đấy. Nay bệ hạ giác ngộ được Tâm ấy thì lập tức thành Phật. Cần gì phải tìm cầu ở bên ngoài”. Lời nói của Quốc giúp vua Trần Thái Tông trở về triều đình làm vua, trở thành minh quân mang Tâm Phật.

Năm 1299, Thượng hoàng Trần Nhân Tông về Yên Tử tu hành, lấy pháp danh là Hương Vân Đại Đầu Đà, đạo hiệu là Trúc Lâm Đại Sỹ. Người đương thời gọi Ngài là “Phật Hoàng”, “Điều Ngự Giác Hoàng” (hoàng đế giác ngộ Đạo Thích-ca). Ngài sáng lập ra Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử – dòng Phật giáo nhập thế, mang đậm bản sắc dân tộc, ý chí độc lập, tự chủ, tự cường của Việt Nam; đề cao và xây dựng nhân cách con người, đạo đức xã hội; đóng góp cho đời những giá trị cao quý. Ngài xây dựng Yên Tử trở thành “Kinh đô Phật giáo” của quốc gia Đại Việt.

Từ đó đến năm Thượng hoàng Trần Minh Tông viên tịch (1357), Phái Thiền Trúc Lâm Yên Tử phát triển cực thịnh, lan rộng ra toàn cõi Đại Việt. Phật giáo Đại Việt thành “Phật giáo nhất tông” với tên gọi “Phật giáo Trúc Lâm”.
Vào cuối thời Trần, triều chính suy vi, Nho giáo chiếm địa vị độc tôn lấn át vị thế của Phật giáo. Dân tình đói khổ, xã hội loạn ly.

Giặc Minh sang xâm lược (1406) và đô hộ Đại Việt (1414-1427), thực hiện chính sách đồng hoá dân tộc, hủy diệt văn hoá Đại Việt. Chùa tháp ở Yên Tử bị phá hủy, hầu hết kinh sách Trúc Lâm bị tiêu hủy hoặc bị đưa về Minh.

Thời Lê (1428-1788), Nho giáo vẫn tiếp tục chiếm địa vị độc tôn song đạo Phật vẫn như mạch nước ngầm tồn tại và phát triển trong lòng dân tộc. Vào thời Lê -Trịnh (thế kỷ 17 – 18), Phật giáo Trúc Lâm được chấn hưng. Các chùa, am tháp Yên Tử còn lại đến ngày nay đều được xây dựng, phục hồi vào thời Lê, nổi bật là ngôi chùa bằng đồng .

Thời Nguyễn (1802-1945), Thiền phái Trúc Lâm suy vi, một số chùa thời Lê ở Yên Tử đổ nát vì thiên tai, địch họa. Đầu thế kỷ 20, một số ngôi chùa được trùng tu, xây dựng. Chùa Đồng được tôn tạo lại bằng xi măng cốt đồng (1930).

Trong kháng chiến chống Pháp (1946-1954), Yên Tử trở thành căn cứ địa cách mạng. Thời kỳ chống Mỹ, Yên Tử là nơi huấn luyện quân. Vì thiên tai, địch họa, Di tích Yên Tử đã trở thành phế tích.

Năm 1974, Di tích lịch sử và Danh thắng Yên Tử được xếp hạng là Di tích quốc gia.

Năm 1981, Hội thảo Khoa học Yên Tử lần thứ I tổ chức tại thị xã Uông Bí . Từ năm 1987, lấy ngày 10 tháng Giêng (âm lịch) là “Ngày Khai mạc Lễ Hội Xuân Yên Tử” hàng năm. Năm 1992, Ban Quản lý Di tích lịch sử và Danh thắng Yên Tử được tỉnh Quảng Ninh quyết định thành lập (vào ngày 28/9). Năm 1996, rừng Yên Tử được công nhận là “Rừng Đặc dụng văn hóa cảnh quan và môi trường Yên Tử”, được bảo vệ nghiêm ngặt, khoanh nuôi tái sinh và trồng rừng ở nơi đất trống đồi núi trọc (như triền núi Thanh Long, thung lũng Giải Oan và một số nơi khác). Những việc làm trên khẳng định giá trị to lớn của Yên Tử và tạo tiền đề quan trọng cho sự nghiệp bảo tồn, tôn tạo, phát huy giá trị khu Di tích và Danh thắng Yên Tử.

Từ năm 1997 đến năm 2002, Dự án Trùng tu tôn tạo di tích – danh thắng Yên Tử với tổng vốn đầu tư 64,5 tỷ đồng được thực hiện với nhiều hạng mục công trình lớn làm hồi sinh Yên Tử, làm tiền đề vững chắc cho sự phát triển của Yên Tử ở giai đoạn đầu thế kỷ XXI.

Từ năm 2001, Công ty Xuất nhập khẩu tỉnh Quảng Ninh đầu tư tạo dựng một số công trình nhằm mục đích tôn tạo, phát huy giá trị Khu Di tích – Danh thắng Yên Tử.

Năm 2011, Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập Khu Rừng quốc gia Yên Tử với diện tích 2.783 héc-ta che phủ “vùng lõi” của Khu Di tích Yên Tử.

Năm 2012, Yên Tử được Thủ tướng Chính phủ công nhận “Di tích quốc gia đặc biệt”.

Ngày nay, Khu Di tích – Danh thắng Yên Tử tọa lạc trên địa bàn thành phố Uông Bí (tỉnh Quảng Ninh) trải dài gần 20km, gồm 10 ngôi chùa, ở phường Phương Đông có 03 chùa: Bí Thượng (còn gọi là Chùa Trình Yên Tử), Suối Tắm, Cầm Thực và ở xã Thượng Yên Công có 07 chùa: Chùa Lân – Thiền viện Trúc Lâm Yên Tử, Giải Oan, Hoa Yên, Một Mái, Bảo Sái, Vân Tiêu, Chùa Đồng và các dấu tích am: Lò Rèn, Thiền Định, Ngự Dược, Diêm, Hoa…; hàng trăm ngôi tháp mộ thiền sư ở các vườn tháp ở Chùa Lân, Hòn Ngọc, Huệ Quang, Vọng Tiên Cung…; hàng ngàn di vật cổ quý có giá trị lịch sử văn hóa gắn liền với Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử.

Ẩn khuất trong rừng già đại ngàn, các chùa tháp trên núi bên suối khe, thác nước hợp thành những bức tranh “sơn – thủy – lâu đài”, gắn kết con người với thiên nhiên, tạo lên Yên Tử với những giá trị cốt lõi: Tâm linh- Văn hóa, lịch sử – Thiên nhiên và các giá trị khác.

Với định hướng phát triển du lịch văn hóa tâm linh bền vững, gần gũi với thiên nhiên, Yên Tử là một “điểm đến” có sức hấp dẫn với du khách.